A.この機能は不意にマウスで触ってしまった場合に、サイズや位置が変わらないようにする機 能です。入力フォーカスがある場合のキーボードによる操作などはそのまま動作します。

A.[Always on Top(常に手前)]は基本的にWindows自身の持つ機能をそのまま使用しているものです。どうもOS側のこの機能自身に多少バグがあるようで、状況によってはこのような現象が発生すことがあるようです。
現在のところ、この現象に関しての回避方法はこちらでは分かっておりません。申し訳ございません。